A gyökérmappát (a lemez gyökérpartícióját, a lemez logikai partíciójának gyökerét, gyökérkönyvtárat) általában a kijelölt csoportban tárolt összes fájl és mappa logikai jellemzőinek szekvenciális könyvtárának nevezzük.
A gyökér mappa létrehozása a kötet partíció formázása során automatikusan megtörténik. A gyökérpartíció fizikai elhelyezése a FAT biztonsági mentés mögött történik. A logikai partíció gyökerének bármely objektumát több 32 vagy 64 bájtos szekvencia jellemzi, amelyek a következőket tartalmazzák: - elérési út a kiválasztott fájlobjektum "elejéig" (az első fürt címe); - objektum neve; - objektum attribútumok (rendszer, rejtett, archívum); - az objektum létrehozásának dátuma; - az objektum létrehozásának ideje; - az objektum mérete stb. A Windows Explorer által megjelenített lemezszerkezet szinte teljesen a gyökérmappából származik. legnagyobb érdeklődés a felhasználó iránt: - boot.ini - rendszerindító fájl. Rejtve van. Telepítenie kell az operációs rendszert, és nem változtatható meg, csak ha feltétlenül szükséges; - pagefile.sys - ha lehetetlen a programok és információs fájlok egyes részeit menteni a számítógép RAM-jába, ez a rejtett fájl a szükséges adatok tárolására szolgál; - hiberfil.sys - lehetővé teszi a hibernált mód használatát, kikapcsoláskor az összes számítógépes memóriaadatot a merevlemezre menti, és a munka folytatásakor helyreállítja az elmentett információkat; - újrahasznosító - rejtett mappa a törölt adatok mentésére; - Rendszerkötet-információk - egy rejtett mappa, amelyet a rendszer gyorsítótárának és a rendszerleíró adatbázis másolatainak mentésére használnak. Az ebben a mappában található információk a rendszer-helyreállítási eljárás végrehajtásához szükségesek. A visszaállítási pontokról származó információkat az RPxSnapshot _restore {GUID} almappái tartalmazzák; - Dokumentumok és beállítások - a mappa a felhasználói profil adatainak mentésére szolgál.