A Total Commander egy népszerű program, amely az egyszerű használat, a nagyszámú plugin és az egyedi beállítások jelenléte miatt szerzett hírnevet, amelyek a legtöbb fájlkezelőben nem érhetők el. Ennek ellenére a Total Commander számos alternatív programmal rendelkezik, amelyek nem kevesebb funkcionalitással bírnak, és jó helyettesítőek lehetnek.
FAR menedzser
A Total Commander egyik legnépszerűbb alternatívája a FAR Manager. Ez a program hasonló funkciókkal rendelkezik, de az interfészben és egyes funkciókban eltér. Az Total Commanderhez hasonlóan az alkalmazásban is sok elérhető plugin található, amelyek még a legigényesebb felhasználók működésének javításában is segítenek. A lehetőségek összességét tekintve a FAR nem marad el a társától, teljesen ingyenes, és a programozók közössége aktívan fejleszti. A FAR rendelkezik hasonló kétablakos felülettel, amelyet szöveges formátumban valósítanak meg, ami megkönnyíti a fájlkezelő használatát és gyors működését még gyenge számítógépeken is.
A FAR-nak is vannak témái, és a program funkciói teljes mértékben vezérelhetők a billentyűzetről.
FreeCommander
A FreeCommander a Total Commander ingyenes alternatívája. Az elődhöz hasonlóan a FreeCommander is többnyelvű testreszabható felülettel rendelkezik, és sokféle beállítást kínál. A program jellemzője, hogy flash meghajtóról futtatható hordozható verzióként bármely Windows rendszerben. Az alkalmazás gyors, képes az archívumok egyszerű szöveges, valamint hexadecimális és bináris formátumban történő megtekintésére. A FAR-tól eltérően a segédprogram támogatja a Drag & Drop funkciót, és csatlakozhat távoli FTP-kiszolgálókhoz. A FreeCommander képes a Total Commander teljes alternatívájává válni.
A FreeCommander hátránya a modulrendszer hiánya és a saját kiterjesztések integrálásának képessége.
Directory Opus
A Directory Opus egy multifunkcionális felülettel rendelkező, fizetős fájlkezelő, amely jó segítség lesz különféle fájlokkal való munkavégzés során. A Total Commanderhez hasonlóan az alkalmazás is többnyelvű felülettel rendelkezik, és képes néhány gomb segítségével megváltoztatni a dizájnt. A program fejlettebb szűrési és fájlkeresési funkcióval rendelkezik, képes adatok szinkronizálására, duplikátumok keresésére a rendszerben. A Directory Opus nagyszámú plugint tartalmaz, amelyek azonban a FAR-hoz vagy a Total Commanderhez képest nem annyira sokak. A program képes automatikus frissítésekre, és elérhető 32 és 64 bites Windows architektúrákhoz. Az alkalmazás USB flash meghajtóról is elindítható.
További alternatívák a Double Commander alkalmazás, a teljes parancsnok plugin támogatásával. Vannak olyan Unreal Commander és Speed Commander is, amelyek gyakorlatilag megismétlik a Total Commander funkcionalitását, de kissé eltérõ a tervezés és a beállítások fája.